Lincoln começou a jogar futebol aos nove anos de idade no Clube Atlético Mineiro, onde se profissionalizou aos 17 e jogou até os 22 anos. No Galo, Lincoln conquistou os títulos estaduais de 1999 - quando marcou o gol decisivo na final contra o América -- e 2000. Em 1999, o apoiador foi peça fundamental para que o time chegasse à decisão do Campeonato Brasileiro. Mas, desta vez, Lincoln não teve a mesma felicidade e acabou vice-campeão, ao perder a final para o Corinthians. O sucesso e as boas apresentações no Galo renderam ao apoiador uma transferência para o Kaiserslautern, da Alemanha. No modesto clube da primeira divisão alemã, Lincoln atuou por três temporadas (2001/2002; 2002/2003; e 2003/2004). Em sua primeira experiência na Europa, o garoto de São Brás do Suaçuí conquistou o vice-campeonato da Copa da Alemanha, na temporada 2002/2003. Depois de três anos no Kaiserslautern, Lincoln foi negociado com o Schalke 04, um dos maiores clubes de futebol do mundo. No clube de Gelsenkirschen, ele também atuou por três temporadas (2004/2005; 2005/2006; e 2006/2007) e viveu a melhor fase de sua carreira. Nessas três temporadas, Lincoln conquistou uma Copa Intertoto, uma Copa da Liga Alemã, dois vice-campeonatos alemães, além de ter sido eleito o melhor jogador da Bundesliga no ano de 2004. Em busca de novos desafios, o craque aceitou a proposta do Galatasaray e se transferiu para o futebol turco no início da temporada 2007/2008. O brasileiro assinou contrato por quatro anos com o ex-time do goleiro e grande amigo Cláudio Taffarel.